The gmt variable contains lists of lists of character vectors. My goal is to substitute the name for each list in gmt (i.e., names(gmt)) with its corresponding id. Everything before the first occurrence of _ should be removed in the process. And the output should retain the GMT format.
gmt <- lapply(gmt, \(x) {x$name <- sub("^[^_]+_", "", x$id); x})
My code above was adapted from an answer that I received from a previous question. However, the output is coerced into a list and did not retain the original GMT format.
Data:
gmt <- list(
REACTOME_INTERLEUKIN_6_SIGNALING = list(
id = "REACTOME_INTERLEUKIN_6_SIGNALING",
name = "http://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/human/geneset/REACTOME_INTERLEUKIN_6_SIGNALING",
genes = c(
"JAK2", "TYK2", "CBL", "STAT1", "IL6ST", "IL6", "IL6R", "JAK1",
"STAT3", "PTPN11", "SOCS3"
)
),
REACTOME_APOPTOSIS = list(
id = "REACTOME_APOPTOSIS",
name = "http://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/human/geneset/REACTOME_APOPTOSIS",
genes = c(
"BAD", "CFLAR", "PSMB1", "PSMC4", "BID", "VIM", "FAS", "BAK1",
"DAPK2", "CDH1", "PSMA4", "DSG2", "CASP8", "PRKCQ", "ROCK1",
"PSME4", "ARHGAP10", "TP63", "TP73", "PKP1", "BAX", "PSMC5",
"ADD1", "DNM1L", "PPP1R13B", "DYNLL1", "PSME1", "CLSPN", "PSMD5",
"DSP", "PSMD8", "MAPK1", "GZMB", "PSMC6", "PSMA3", "PSMC1", "PSMB5",
"ACIN1", "PSMA6", "PSME2", "PSMA7", "E2F1", "PSMD10", "XIAP",
"BMX", "STK24", "TRADD", "MAPK3", "PSMD7", "TJP1", "BMF", "GSDMD",
"TNFRSF10A", "AKT2", "BBC3", "CARD8", "GSDME", "PSMA2", "MAPK8",
"UNC5B", "PSMD3", "SEPTIN4", "KPNB1", "C1QBP", "PSMD11", "YWHAE",
"BIRC2", "PSMD9", "LMNB1", "UNC5A", "KPNA1", "TFDP2", "PSMD14",
"AKT3", "FASLG", "TJP2", "APAF1", "TNFRSF10B", "PPP3CC", "TNFSF10",
"H1-3", "H1-1", "PSMF1", "PSMB2", "TRAF2", "TICAM1", "SEM1",
"YWHAH", "PSMA1", "PSME3", "CASP9", "YWHAQ", "STK26", "DSG3",
"DSG1", "APC", "DBNL", "NMT1", "TLR4", "PSMB7", "RIPK1", "UACA",
"CASP6", "TP53", "PMAIP1", "AKT1", "PSMB6", "PSMA5", "TP53BP2",
"RPS27A", "CDKN2A", "GSN", "GAS2", "APIP", "UBC", "BCL2L11",
"LY96", "PSMA8", "APPL1", "PSMD4", "PSMB4", "DFFA", "LMNA", "PSMC2",
"OMA1", "PSMD6", "PRKCD", "HMGB2", "CASP3", "YWHAZ", "CASP7",
"PSMC3", "YWHAB", "DAPK3", "CTNNB1", "FADD", "H1-4", "FNTA",
"STAT3", "PTK2", "DFFB", "AVEN", "YWHAG", "UBB", "CD14", "BCL2L1",
"BCL2", "CYCS", "PSMD1", "PSMD2", "SFN", "PLEC", "MAGED1", "PAK2",
"SATB1", "DIABLO", "H1-5", "PSMD13", "BCAP31", "MAPT", "DCC",
"H1-2", "H1-0", "HMGB1", "DAPK1", "PSMD12", "SPTAN1", "OCLN",
"TFDP1", "OPA1", "PSMB8", "PSMB10", "PPP3R1", "UBA52", "PSMB11",
"PSMB9", "TICAM2", "DYNLL2", "PSMB3"
)
),
REACTOME_HEMOSTASIS = list(
id = "REACTOME_HEMOSTASIS",
name = "http://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/human/geneset/REACTOME_HEMOSTASIS",
genes = c(
"FGR", "CD99", "TFPI", "KDM1A", "PRKAR2B", "ITGAL", "ITGA3",
"LAMP2", "ITGA2B", "TBXA2R", "NOS2", "SELE", "CD9", "FYN", "PLAUR",
"EHD3", "IGF1", "CD74", "HGF", "SLC7A9", "EHD2", "CD44", "PRKCH",
"VCL", "RAB27B", "LCP2", "HSPA5", "BCAR1", "PIK3CB", "KIF1B",
"ITIH4", "F7", "ATP2B4", "DGKG", "GNA15", "GUCY1B1", "GPC1",
"HMG20B", "GNAI3", "DGKA", "PRKCQ", "PPP2R5A", "CD84", "KIF26A",
"RHOA", "PRKCZ", "ATP2B3", "KIF2A", "RASGRP2", "PPP2R5B", "TRPC7",
"ATP1B3", "GNB5", "CDC42", "ATP2B1", "WDR1", "PRKACA", "SPP2",
"ACTN1", "IRAG1", "ATP2A3", "MGLL", "SRI", "ACTB", "TUBA3D",
"KIFAP3", "STXBP2", "DGKD", "APBB1IP", "ACTN2", "CAPZB", "PPP2R5C",
"GNB1", "RAPGEF3", "CEACAM1", "KIF22", "CARMIL1", "P2RX5", "APLP2",
"APOB", "KIF3C", "CEACAM6", "GNAS", "GP6", "GNA11", "DOCK9",
"DOCK3", "KIF9", "F11", "SIRPG", "P2RX7", "KIF16B", "NOS1", "RCOR1",
"THPO", "GLG1", "KIF4A", "ITGA6", "RAPGEF4", "TF", "APOH", "ANGPT2",
"SLC7A8", "TGFB2", "CBX5", "BRPF3", "ITPR3", "JAK2", "ABL1",
"SERPIND1", "P2RX6", "PPIL2", "MAPK1", "PICK1", "SLC16A8", "TIMP3",
"PDGFB", "VTI1B", "ITPK1", "SERPINA4", "SLC8A3", "ABHD12", "PROCR",
"TUBB1", "ANGPT4", "KIF3B", "F9", "GATA1", "CD99L2", "TIMP1",
"MAGED2", "SYTL4", "DGKH", "MAPK3", "SLC7A6", "SLC7A5", "STX4",
"CSK", "SCG3", "PLAT", "TNFRSF10A", "PPP2CB", "TUBB4A", "KLC3",
"TGFB1", "CEACAM5", "PPP2R1A", "PIK3R2", "MAG", "PIK3CG", "CAV1",
"SERPINE1", "RARRES2", "CDC37L1", "DOCK8", "GATA3", "RAD51C",
"P2RX1", "PFN1", "C1QBP", "AKAP10", "LGALS3BP", "COL1A1", "PRKAR1A",
"PF4V1", "P2RX3", "EHD1", "VWF", "SELPLG", "SH2B3", "GNB3", "PTPN6",
"MAPK14", "PHACTR2", "PDE10A", "PPP2R5D", "VEGFA", "KIF20A",
"SPARC", "PPP2CA", "KNG1", "HRG", "PRKAR2A", "GNAI2", "GNB4",
"ITGA4", "PDE1A", "GRB14", "FN1", "PROC", "SDC1", "SOS1", "PLEK",
"QSOX1", "STXBP3", "RAP1A", "HDAC1", "CAPZA1", "DOCK7", "MFN2",
"PLA2G4A", "CD58", "CD2", "KIF21B", "CD48", "MPL", "PIK3R3",
"F3", "SERPINC1", "APOA1", "SLC8A2", "MYB", "TGFB3", "EPCAM",
"GNA13", "TEK", "IFNA6", "IFNA8", "CLU", "TNFRSF10B", "AKAP1",
"A1BG", "KIF18A", "PIK3CA", "PLG", "CD244", "PLAU", "SRGN", "ITPR2",
"PDE1B", "CDK2", "NFE2", "TUBA1B", "SDC4", "PLCG1", "PSG8", "CEACAM8",
"F13A1", "SERPINB6", "TREM1", "ABCC4", "KIF25", "IRF1", "KLC1",
"F10", "PRKCG", "RAP1B", "F2RL3", "GNG13", "TUBA4A", "AAMP",
"GNG11", "GNGT1", "GNAI1", "VPREB3", "IGLL1", "RAC2", "DOCK4",
"CALU", "PDE11A", "ISLR", "ATP1B2", "KIF1C", "DOCK6", "KIF1A",
"ACTN4", "GATA5", "SLC7A10", "HABP4", "F12", "CAP1", "RBSN",
"KIF3A", "RAF1", "JCHAIN", "H3-3B", "KRAS", "VAV3", "CABLES1",
"DOCK2", "DAGLA", "P2RX4", "CD36", "PHF21A", "CD63", "MICAL1",
"KCNMB4", "DOCK10", "SERPINE2", "RAC1", "DGKB", "GATA4", "VPS45",
"GYPC", "KIF12", "TLN1", "IFNA21", "KLC4", "TUBB2A", "TUBB2B",
"ARRB1", "PRCP", "TRPC6", "PPP2R1B", "THBS1", "KIF23", "KIF11",
"KIF20B", "OLA1", "ITGAV", "PRKG2", "MMRN1", "PDE5A", "TRPC3",
"CENPE", "EGF", "KIF21A", "ITGAX", "PDPK1", "KIF2B", "GATA6",
"ARRB2", "PIK3R5", "TP53", "SLC16A3", "GRB7", "VAV1", "SOD1",
"APP", "AKT1", "PRKACB", "KIF2C", "ITGA10", "ATP1B1", "F13B",
"ECM1", "SCCPDH", "LEFTY2", "RHOB", "RAB5A", "MANF", "AHSG",
"DGKQ", "PIK3R1", "LHFPL2", "PCYOX1L", "KCNMB1", "GNA12", "DOCK11",
"DOK2", "DOCK5", "AK3", "IFNA5", "IFNA16", "DGKZ", "SERPING1",
"ENDOD1", "ESAM", "CABLES2", "FERMT3", "ALDOA", "ITGB1", "ADRA2A",
"VEGFC", "DOCK1", "ITPR1", "SLC7A11", "TUBA3E", "GUCY1A2", "MERTK",
"CYRIB", "DGKE", "PPP2R5E", "ANGPT1", "PRKCA", "CXADR", "JAM2",
"APOOL", "SLC16A1", "SLC7A7", "TTN", "KIF5A", "GNA14", "GNAQ",
"KCNMA1", "TSPAN7", "CD109", "ATP2B2", "LRP8", "DGKI", "PAFAH2",
"TAGLN2", "F11R", "FCER1G", "CYB5R1", "PTGIR", "PDE9A", "ITGB2",
"VAV2", "JAML", "SHC1", "ORAI2", "SH2B2", "ITGA5", "RACGAP1",
"GNG3", "ITIH3", "PDPN", "SDC3", "KIF26B", "FCAMR", "H3-3A",
"ALB", "ABHD6", "PPBP", "PF4", "KIF15", "CLEC3B", "PRKCD", "TEX264",
"ANXA5", "GUCY1A1", "ITGA2", "F2RL2", "KLKB1", "DAGLB", "KIF6",
"COL1A2", "NOS3", "CDK5", "YWHAZ", "SYK", "PRKACG", "KIF27",
"VEGFD", "CLEC1B", "JAM3", "SERPINB8", "TMX3", "WEE1", "PRKCB",
"GNGT2", "CRK", "IGF2", "STIM1", "GNG8", "TUBA1A", "TUBA1C",
"KIFC2", "SERPINF2", "SLC3A2", "GNG4", "IRF2", "INPP5D", "P2RY12",
"SIN3A", "PTK2", "SDC2", "VPREB1", "GP9", "PCDH7", "P2RY1", "ITGAM",
"ZFPM2", "GYPA", "KIF5B", "PSG6", "CEACAM3", "MFN1", "KCNMB3",
"PRKCE", "FGG", "FGA", "FGB", "IFNB1", "JMJD1C", "BSG", "GNB2",
"GNG12", "GTPBP2", "CTSW", "RASGRP1", "CFL1", "TUBB8B", "OLR1",
"VEGFB", "TNFRSF10D", "GNG5", "SELP", "ATP2A2", "HRAS", "KLC2",
"A2M", "TUBB6", "YES1", "GNG7", "RHOG", "CHID1", "GRB2", "SH2B1",
"TUBAL3", "THBD", "GP5", "PTPN11", "GATA2", "ZFPM1", "F2", "F2R",
"RAD51B", "ANXA2", "LCK", "SLC8A1", "GAS6", "H3C13", "PSG9",
"TUBA8", "ADRA2C", "PROS1", "F8", "MAFF", "GP1BA", "PRKG1", "KIF18B",
"GNG2", "PDE2A", "IFNA10", "P2RX2", "PRKAR1B", "TUBB4B", "IFNA2",
"SELL", "SERPINA5", "SERPINA3", "KIF19", "PPIA", "ATP2A1", "PTPN1",
"PRTN3", "HBG2", "HDAC2", "MMP1", "CD47", "NHLRC2", "FLNA", "FAM3C",
"MAFG", "SRC", "H3C12", "SERPINA1", "H3C4", "PDGFA", "SPN", "KCNMB2",
"SERPINB2", "PSAP", "S100A10", "CFD", "KIF13B", "IFNA1", "PLCG2",
"TUBA3C", "SIRPA", "TOR4A", "MAFK", "CALM1", "F5", "CAPZA2",
"L1CAM", "GP1BB", "H3C14", "H3C15", "KIFC1", "MPIG6B", "LY6G6F",
"CD177", "PSG5", "TMSB4X", "IGKV4-1", "IGKV5-2", "IGKV3D-20",
"IGLV6-57", "IGLV1-51", "IGLV1-47", "IGLV1-44", "IGLV7-43", "IGLV1-40",
"IGLV3-27", "IGLV3-25", "IGLV2-23", "IGLV3-21", "IGLV3-19", "IGLV2-14",
"IGLV2-11", "IGLV3-1", "IGLC2", "IGLC3", "IGHA2", "IGHA1", "IGHM",
"IGHV1-2", "IGHV2-5", "IGHV3-7", "IGHV3-11", "IGHV3-13", "IGHV3-23",
"IGHV3-33", "IGHV4-34", "IGHV4-39", "IGHV1-46", "IGHV3-48", "IGHV3-53",
"IGHV1-69", "NRAS", "LAT", "HBE1", "HBG1", "ITGA1", "IFNA7",
"GNAT3", "PSG3", "PSG7", "HBD", "IGHV4-59", "KIF4B", "IFNA14",
"ORM2", "ORM1", "PSG1", "IFNA13", "IFNA17", "IFNA4", "IGKV2D-30",
"IGKV3-20", "IGKV1D-33", "IGKV1-17", "IGKV1-16", "MIF", "IGKV1D-16",
"IGKV3-11", "IGKV1-33", "PSG2", "IGKV1-39", "IGKV2D-28", "GNG10",
"PSG11", "PSG4", "IGKV2-30", "IGKV1-12", "IGKV1-5", "TUBA4B",
"IGKV2-28", "IGKV3-15", "HBB", "GYPB", "SELENOP", "IGKV2D-40",
"IGKV1D-39", "LYN", "TUBB3", "ITGB3", "PECAM1", "TUBB8", "IGHV3-30",
"H3C8", "ADRA2B", "IGHV2-70", "DGKK", "H3C6", "H3C11", "H3C1",
"ORAI1", "PIK3R6", "H3C7", "IGLV2-8", "H3C10", "IGKV1D-12", "H3C2",
"H3C3"
)
),
REACTOME_INTRINSIC_PATHWAY_FOR_APOPTOSIS = list(
id = "REACTOME_INTRINSIC_PATHWAY_FOR_APOPTOSIS",
name = "http://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/human/geneset/REACTOME_INTRINSIC_PATHWAY_FOR_APOPTOSIS",
genes = c(
"BAD", "BID", "BAK1", "CASP8", "TP63", "TP73", "BAX", "PPP1R13B",
"DYNLL1", "MAPK1", "GZMB", "E2F1", "XIAP", "MAPK3", "BMF", "GSDMD",
"AKT2", "BBC3", "CARD8", "GSDME", "MAPK8", "SEPTIN4", "C1QBP",
"YWHAE", "TFDP2", "AKT3", "APAF1", "PPP3CC", "YWHAH", "CASP9",
"YWHAQ", "NMT1", "UACA", "TP53", "PMAIP1", "AKT1", "TP53BP2",
"CDKN2A", "APIP", "BCL2L11", "CASP3", "YWHAZ", "CASP7", "YWHAB",
"STAT3", "AVEN", "YWHAG", "BCL2L1", "BCL2", "CYCS", "SFN", "DIABLO",
"TFDP1", "PPP3R1", "DYNLL2"
)
)
) |>
structure(class = "GMT")
