The data contain levels not found in the data

Question

I am using the following function but I get this error The data contain levels not found in the data . Any idea what I have to do?

confusionMatrix(reference = as.factor(AAA), data = BBB, mode='everything')

AAA

c("A", "B", "C", "B", "B", "B", "C", "E", "A", "A", "B", "C", 
"A", "L", "C", "C", "C", "C", "G", "B", "B", "I", "A", "C", "B", 
"B", "B", "C", "L", "A", "B", "B", "C", "A", "B", "B", "B", "A", 
"C", "C", "I", "M", "B", "C", "B", "C", "B", "C", "B", "E", "B", 
"C", "C", "A", "B", "L", "C", "G", "C", "G", "A", "B", "A", "B", 
"C", "B", "E", "A", "C", "G", "B", "C", "E", "L", "A", "K", "B", 
"C", "G", "B", "C", "A", "B", "C", "C", "G", "A", "B", "A", "C", 
"C", "A", "B", "C", "A", "G", "B", "I", "B", "A", "B", "B", "L", 
"B", "E", "B", "G", "G", "A", "G", "L", "A", "B", "C", "C", "B", 
"C", "B", "A", "B", "C", "C", "G", "C", "C", "A", "B", "A", "E", 
"C", "B", "B", "C", "L", "C", "C", "K", "G", "I", "A", "B", "C", 
"B", "B", "B", "C", "I", "C", "L", "B", "C", "E", "C", "C", "B", 
"C", "E", "C", "G", "C", "B", "A", "A", "C", "A", "L", "C", "B", 
"B", "C", "B", "G", "C", "B", "G", "A", "B", "A", "I", "C", "E", 
"B", "B", "B", "A", "A", "C", "B", "L", "E", "C", "B", "C", "A", 
"C", "G", "A", "B", "B", "A", "B", "A", "B", "C", "L", "A", "C", 
"C", "I", "A", "M", "K", "A", "B", "C", "C", "I", "L", "E", "B", 
"L", "B", "E", "B", "K", "M", "L", "C", "C", "G", "A", "A", "I", 
"G", "A", "B", "C", "K", "E", "C", "G", "L", "C", "E", "L", "A", 
"A", "C", "L", "A", "B", "G", "C", "C", "B", "B", "C", "G", "A", 
"C", "E", "G", "B", "C", "B", "B", "B", "B", "C", "B", "B", "A", 
"C", "C", "L", "C", "C", "A", "B", "A", "C", "C", "C", "B", "B", 
"B", "C", "C", "A", "G", "A", "C", "A", "A", "G", "C", "E", "A", 
"B", "G", "L", "M", "A", "B", "E", "B", "K", "A", "B", "C", "B", 
"B", "C", "B", "E", "C", "G", "B", "C", "B", "I", "A", "C", "A", 
"C", "C", "B", "B", "C", "C", "A", "L", "A", "C", "B", "I", "B", 
"C", "A", "L", "C", "B", "A", "A", "B", "L", "A", "A", "A", "C", 
"A", "B", "K", "C", "B", "I", "B", "C", "L", "B", "C", "B", "C", 
"C", "C", "B", "B", "G", "E", "A", "B", "B", "C", "A", "A", "B", 
"I", "A", "B", "B", "C", "K", "B", "G", "L", "A", "C", "A", "B", 
"I", "B", "G", "A", "B", "C", "C", "L", "A", "A", "C", "L", "C", 
"A", "C", "A", "B", "C", "L", "C", "C", "B", "G", "A", "A", "A", 
"B", "A", "A", "A", "A", "B", "G", "I", "I", "K", "C", "B", "G", 
"A", "B", "A", "B", "G", "K", "E", "I", "C", "E", "G", "G", "A", 
"B", "E", "M", "C", "C", "B", "C", "B", "K", "B", "A", "A", "C", 
"C", "I", "C", "B", "B", "C", "A", "B", "A", "B", "B", "G", "C", 
"G", "C", "C", "C", "E", "E", "L", "C", "I", "E", "B", "B", "C", 
"A", "C", "I", "C", "L", "B", "C", "A", "C", "B", "A", "C", "C", 
"B", "G", "C", "B", "C", "A", "E", "B", "L", "B", "G", "A", "B", 
"B", "A", "E", "C", "G", "C", "G", "B", "A", "A", "B", "S", "B", 
"E", "G", "B", "A", "A", "B", "C", "L", "A", "L", "B", "A", "I", 
"I", "C", "A", "L", "B", "G", "C", "A", "B", "B", "L", "L", "C", 
"C", "B", "B", "C", "C", "A", "B", "L", "B", "G", "E", "B", "G", 
"B", "C", "B", "B", "B", "B", "B", "E", "B", "E", "C", "B", "G", 
"A", "B", "A", "B", "C", "A", "G", "C", "K", "C", "A", "G", "B", 
"G", "A", "B", "C", "B", "G", "A", "A", "B", "C", "A", "B", "C", 
"E", "A", "A", "C", "A", "B", "E", "A", "B", "E", "I", "A", "A", 
"G", "L", "A", "A", "M", "A", "C", "G", "G", "B", "B", "G", "C", 
"A", "B", "B", "E", "C", "C", "B", "A", "E", "B", "B", "B", "B", 
"B", "E", "L", "A", "B", "A", "B", "E", "B", "I", "A", "G", "B", 
"B", "A", "B", "B", "E", "B", "A", "B", "L", "C", "L", "C", "L", 
"C", "A", "C", "C", "B", "C", "B", "L", "A", "C", "I", "A", "A", 
"C", "B", "C", "E", "C", "I", "G", "G", "C", "A", "B", "B", "C", 
"I", "I", "M", "C", "E", "A", "B", "C", "C", "B", "C", "B", "C", 
"C", "E", "C", "C", "A", "I", "C", "C", "E", "B", "B", "E", "E", 
"C", "A", "M", "G", "B", "C", "A", "C", "C", "B", "B", "A", "B", 
"B", "A", "G", "C", "B", "C", "A", "A", "B", "G", "C", "E", "C", 
"E", "G", "B", "L", "C", "A", "B", "C", "C", "B", "I", "A", "A", 
"A", "B", "A", "C", "A", "C", "B", "C", "A", "A", "C", "C", "A", 
"A", "B", "L", "A", "C", "C", "B", "A", "C", "B", "A", "K", "A", 
"C", "I", "A", "C", "A", "E", "A", "B", "B", "B", "I", "E", "A", 
"A", "B", "E", "A", "B", "M", "C", "A", "B", "I", "A", "B", "B", 
"C", "C", "B", "B", "A", "B", "C", "B", "A", "B", "C", "E", "I", 
"L", "S", "L", "M", "A", "B", "B", "C", "B", "C", "B", "C", "A", 
"A", "B", "C", "A", "A", "B", "M", "A", "I", "A", "B", "B", "B", 
"C", "I", "A", "M", "B", "B", "B", "C", "B", "C", "G", "A", "B", 
"C", "C", "L", "A", "B", "G", "I", "A", "B", "C", "E", "C", "B", 
"B", "A", "A", "B", "A", "B", "B", "A", "G", "C", "L", "B", "E", 
"B", "C", "B", "A", "B", "E", "L", "B", "C", "I", "A", "B", "B", 
"C", "B", "C", "B", "C", "B", "B")

BBB

structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 3L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 3L, 1L, 1L, 3L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 3L, 3L, 1L, 1L, 3L, 2L, 1L, 3L, 1L, 1L, 3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 3L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 2L, 2L, 3L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 3L, 3L, 1L, 2L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 3L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 2L, 3L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 3L, 1L, 1L, 3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 3L, 3L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 2L, 2L, 3L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 3L, 3L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 5L, 1L, 3L, 3L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 5L, 5L, 1L, 2L, 3L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 3L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 3L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 1L, 3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 3L, 3L, 3L, 1L, 3L, 3L, 3L, 2L, 1L, 1L, 3L, 1L, 2L, 1L, 3L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 4L, 1L, 1L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 1L, 3L, 1L, 2L, 2L, 3L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 4L, 3L, 3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 3L, 1L, 1L, 4L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 1L, 5L, 5L, 5L, 1L, 3L, 3L, 3L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 3L, 1L), levels = c("A", "B", 
"C", "D", "L"), class = "factor")

You won't get it into the first format, that's just how R prints objects. But more importantly, why do you want it in that format? — user2974951, Oct 04 '22 at 08:32
Since I get the following error when I use ConfusionMAtrix function: "The data contain levels not found in the data." — Ester Silva, Oct 04 '22 at 08:34
Show us your whole code, how you are saving this data, how you are reading it, and how you are calling the confusion matrix function. Anyway, check that both your y and x have the same levels. — user2974951, Oct 04 '22 at 08:45

score 0 · Answer 1 · answered Oct 04 '22 at 08:34

0

I guess you need to convert factor to character, e.g.,

x <- as.character(x)

or

x <- levels(x)[x]

then you run dput(x) and will see the desired format.

answered Oct 04 '22 at 08:34

ThomasIsCoding

96,636
9
24
81

The data contain levels not found in the data

1 Answers1