I have a 2D NumPy ndarray which consists of densities in a sparse matrix. I would like to plot it as a heatmap while also plotting ellipsoids derived from a couple of Gaussian mixture models fitted to my data. How can I accomplish this in Python?
The array looks something like this:
a = np.array([[0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.,
1., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 1., 2., 1., 2., 1., 1., 1., 0., 0.,
0., 0., 0., 0., 0.],
[0., 0., 0., 0., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 0., 0., 1., 0., 0.,
1., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 0., 0., 0.,
0., 0., 0., 0., 0.],
[0., 0., 2., 1., 2., 0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.,
0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 1., 1.,
0., 0., 0., 0., 0.],
[0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.,
0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 1.,
1., 1., 1., 0., 0.],
[0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.,
0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0.,
0., 0., 0., 0., 0.]])
And to fit the data I use sklearn.mixture
, but first I convert the 2D array to a density array:
def convert_to_density_array(array):
"""
Convert an array to a density array
"""
density_list = []
# iterate over each i,j coordinate in the array
for (i, j), value in np.ndenumerate(array):
for x in range(int(value)):
density_list.append((i, j))
return np.array(density_list)
# Create density array
density_array = convert_to_density_array(a)
gaussian_mix_4_components = mixture.GaussianMixture(n_components=4).fit(density_array)