I've successfully migrated from WildFly 11 -> 12 & 12 -> 13. All used Hibernate OGM with MongoDB.
After getting it working on WildFly 11 & 12 I simply copied all the appropriate module directories across (from 12).
Have you edited the 'module.xml' to point to the correct version of the JAR?
Maybe a typo but WildFly 13.0.0.Final ships with 5.2.14.Final:
hibernate-core-5.2.14.Final.jar
From what I remember I had problems deploying as the 'search' directory was missing.
From my WildFly 13.0.0.Final installation on macOS.
/usr/local/Cellar/wildfly-as/13.0.0.Final/libexec/modules/system/layers/base/org/hibernate
The tree of the directories & files is:
.
├── 4.1
│ ├── jipijapa-hibernate4-1-13.0.0.Final.jar
│ └── module.xml
├── 4.3
│ └── module.xml
├── 5.0
│ └── module.xml
├── 5.2
│ └── module.xml
├── 5.2.14.Final
│ ├── byte-buddy-1.6.14.jar
│ ├── hibernate-core-5.2.14.Final.jar
│ ├── hibernate-envers-5.2.14.Final.jar
│ └── module.xml
├── commons-annotations
│ └── main
│ ├── hibernate-commons-annotations-5.0.2.Final.jar
│ └── module.xml
├── envers
│ └── main
│ └── module.xml
├── hql
│ └── 1.5.0.Final
│ ├── antlr-runtime-3.4.jar
│ ├── hibernate-hql-lucene-1.5.0.Final.jar
│ ├── hibernate-hql-parser-1.5.0.Final.jar
│ └── module.xml
├── infinispan
│ ├── 5.2
│ │ └── module.xml
│ ├── 5.2.14.Final
│ │ ├── hibernate-infinispan-5.2.14.Final.jar
│ │ └── module.xml
│ └── main
│ └── module.xml
├── jipijapa-hibernate4-3
│ └── main
│ ├── jipijapa-hibernate4-3-13.0.0.Final.jar
│ └── module.xml
├── jipijapa-hibernate5
│ ├── 5.2
│ │ └── module.xml
│ ├── 5.2.14.Final
│ │ ├── jipijapa-hibernate5-11.0.0.Final.jar
│ │ └── module.xml
│ └── main
│ ├── jipijapa-hibernate5-13.0.0.Final.jar
│ ├── jipijapa-hibernate5-3-13.0.0.Final.jar
│ ├── jipijapa-hibernate5-3-legacy-13.0.0.Final.jar
│ ├── jipijapa-hibernate5-legacy-13.0.0.Final.jar
│ └── module.xml
├── main
│ ├── hibernate-core-5.1.14.Final.jar
│ ├── hibernate-core-5.3.1.Final.jar
│ ├── hibernate-entitymanager-5.1.14.Final.jar
│ ├── hibernate-envers-5.1.14.Final.jar
│ ├── hibernate-envers-5.3.1.Final.jar
│ ├── hibernate-java8-5.1.14.Final.jar
│ └── module.xml
├── ogm
│ ├── 5.3
│ │ ├── hibernate-ogm-core-5.3.0.Final.jar
│ │ └── module.xml
│ ├── infinispan-embedded
│ │ ├── 5.3
│ │ │ ├── hibernate-ogm-infinispan-embedded-5.3.0.Final.jar
│ │ │ └── module.xml
│ │ └── main
│ │ └── module.xml
│ ├── infinispan-remote
│ │ ├── 5.3
│ │ │ ├── hibernate-ogm-infinispan-remote-5.3.0.Final.jar
│ │ │ └── module.xml
│ │ └── main
│ │ └── module.xml
│ ├── internal
│ │ └── parboiled
│ │ └── 5.3
│ │ ├── asm-5.2.jar
│ │ ├── asm-analysis-5.2.jar
│ │ ├── asm-tree-5.2.jar
│ │ ├── asm-util-5.2.jar
│ │ ├── module.xml
│ │ ├── parboiled-core-1.1.8.jar
│ │ └── parboiled-java-1.1.8.jar
│ ├── jipijapa
│ │ └── 5.3.0.Final
│ │ ├── hibernate-ogm-jipijapa-5.3.0.Final.jar
│ │ └── module.xml
│ ├── main
│ │ └── module.xml
│ ├── mongodb
│ │ ├── 5.3
│ │ │ ├── hibernate-ogm-mongodb-5.3.0.Final.jar
│ │ │ ├── module.xml
│ │ │ └── mongo-java-driver-3.6.3.jar
│ │ └── main
│ │ └── module.xml
│ └── neo4j
│ ├── 5.3
│ │ ├── hibernate-ogm-neo4j-5.3.0.Final.jar
│ │ ├── module.xml
│ │ ├── neo4j-3.3.3.jar
│ │ ├── neo4j-cypher-3.3.3.jar
│ │ ├── neo4j-graph-algo-3.3.3.jar
│ │ ├── neo4j-graph-matching-3.1.6.jar
│ │ ├── neo4j-jmx-3.3.3.jar
│ │ ├── neo4j-kernel-3.3.3.jar
│ │ └── neo4j-udc-3.3.3.jar
│ ├── internal
│ │ └── 5.3.0.Final
│ │ ├── bcpkix-jdk15on-1.53.jar
│ │ ├── bcprov-jdk15on-1.53.jar
│ │ ├── caffeine-2.3.3.jar
│ │ ├── commons-lang3-3.5.jar
│ │ ├── concurrentlinkedhashmap-lru-1.4.2.jar
│ │ ├── lucene-analyzers-common-5.5.5.jar
│ │ ├── lucene-backward-codecs-5.5.5.jar
│ │ ├── lucene-codecs-5.5.5.jar
│ │ ├── lucene-core-5.5.5.jar
│ │ ├── lucene-queryparser-5.5.5.jar
│ │ ├── module.xml
│ │ ├── neo4j-codegen-3.3.3.jar
│ │ ├── neo4j-collections-3.3.3.jar
│ │ ├── neo4j-common-3.3.3.jar
│ │ ├── neo4j-configuration-3.3.3.jar
│ │ ├── neo4j-cypher-compiler-2.3-2.3.12.jar
│ │ ├── neo4j-cypher-compiler-3.1-3.1.6.jar
│ │ ├── neo4j-cypher-compiler-3.2-3.2.9.jar
│ │ ├── neo4j-cypher-compiler-3.3-3.3.3.jar
│ │ ├── neo4j-cypher-frontend-2.3-2.3.12.jar
│ │ ├── neo4j-cypher-frontend-3.1-3.1.6.jar
│ │ ├── neo4j-cypher-frontend-3.2-3.2.9.jar
│ │ ├── neo4j-cypher-frontend-3.3-3.3.3.jar
│ │ ├── neo4j-cypher-ir-3.2-3.2.9.jar
│ │ ├── neo4j-cypher-ir-3.3-3.3.3.jar
│ │ ├── neo4j-cypher-logical-plans-3.3-3.3.3.jar
│ │ ├── neo4j-graphdb-api-3.3.3.jar
│ │ ├── neo4j-index-3.3.3.jar
│ │ ├── neo4j-io-3.3.3.jar
│ │ ├── neo4j-java-driver-1.5.1.jar
│ │ ├── neo4j-logging-3.3.3.jar
│ │ ├── neo4j-lucene-index-3.3.3.jar
│ │ ├── neo4j-lucene-upgrade-3.3.3.jar
│ │ ├── neo4j-primitive-collections-3.3.3.jar
│ │ ├── neo4j-resource-3.3.3.jar
│ │ ├── neo4j-ssl-3.3.3.jar
│ │ ├── neo4j-unsafe-3.3.3.jar
│ │ ├── neo4j-values-3.3.3.jar
│ │ ├── netty-all-4.1.17.Final.jar
│ │ ├── parboiled-scala_2.11-1.1.8.jar
│ │ ├── scala-library-2.11.11.jar
│ │ └── scala-reflect-2.11.11.jar
│ └── main
│ └── module.xml
├── search
│ ├── aws-v4-signer-java
│ │ └── 5.8.2.Final
│ │ ├── aws-v4-signer-java-1.3.jar
│ │ └── module.xml
│ ├── backend-jms
│ │ ├── 5.10
│ │ │ ├── hibernate-search-backend-jms-5.10.1.Final.jar
│ │ │ └── module.xml
│ │ └── main
│ │ ├── hibernate-search-backend-jms-5.5.8.Final.jar
│ │ └── module.xml
│ ├── elasticsearch
│ │ └── 5.8.2.Final
│ │ ├── hibernate-search-elasticsearch-5.8.2.Final.jar
│ │ └── module.xml
│ ├── elasticsearch-aws
│ │ └── 5.8.2.Final
│ │ ├── hibernate-search-elasticsearch-aws-5.8.2.Final.jar
│ │ └── module.xml
│ ├── elasticsearch-client
│ │ └── 5.8.2.Final
│ │ ├── elasticsearch-rest-client-5.6.2.jar
│ │ └── module.xml
│ ├── elasticsearch-gson
│ │ └── 5.8.2.Final
│ │ ├── gson-2.8.2.jar
│ │ └── module.xml
│ ├── elasticsearch-sniffer
│ │ └── 5.8.2.Final
│ │ ├── elasticsearch-rest-client-sniffer-5.6.2.jar
│ │ └── module.xml
│ ├── engine
│ │ ├── 5.10
│ │ │ ├── hibernate-search-engine-5.10.1.Final.jar
│ │ │ └── module.xml
│ │ ├── 5.8
│ │ │ └── module.xml
│ │ ├── 5.8.2.Final
│ │ │ ├── hibernate-search-engine-5.8.2.Final.jar
│ │ │ └── module.xml
│ │ └── main
│ │ ├── hibernate-search-engine-5.5.8.Final.jar
│ │ └── module.xml
│ ├── orm
│ │ ├── 5.10
│ │ │ ├── hibernate-search-orm-5.10.1.Final.jar
│ │ │ └── module.xml
│ │ ├── 5.8
│ │ │ └── module.xml
│ │ ├── 5.8.2.Final
│ │ │ ├── hibernate-search-orm-5.8.2.Final.jar
│ │ │ └── module.xml
│ │ └── main
│ │ ├── hibernate-search-orm-5.5.8.Final.jar
│ │ └── module.xml
│ └── serialization-avro
│ ├── 5.10
│ │ ├── hibernate-search-serialization-avro-5.10.1.Final.jar
│ │ └── module.xml
│ └── main
│ ├── hibernate-search-serialization-avro-5.5.8.Final.jar
│ └── module.xml
└── validator
├── cdi
│ └── main
│ ├── hibernate-validator-cdi-5.3.6.Final.jar
│ ├── hibernate-validator-cdi-6.0.10.Final.jar
│ └── module.xml
└── main
├── hibernate-validator-5.3.6.Final.jar
├── hibernate-validator-6.0.10.Final.jar
└── module.xml
77 directories, 151 files